上海交通大学体育教育的历史可上溯至1896年南洋公学时期。在120多年的办学历程中，学校始终高度重视体育教育，逐步形成了“强国强身、崇尚文化、注重体育、健康向上”的思想。体育系成立于1985年，经过多年建设目前已形成一所（体育科学研究所）、一基地（国家体育总局体育文化研究基地）、三中心（上海交通大学学生体质健康监测中心、上海交通大学国际乒乓球交流中心、运动健康工程中心）、三教研室（大球教研室、小球教研室和拳操教研室）。体育系建有运动科学一级学科博士点、体育学一级学科硕士点、体育硕士专业学位点。2016年起，体育系与美国明尼苏达大学联合培养双学位硕士，2025年，获批国内首家交叉学科门类下运动科学一级学科博士点，办学实力稳步提升。

近年来，交大体育深入贯彻习近平总书记“树立健康第一的教育理念”，以“享受乐趣、增强体质、健全人格、锤炼意志”为目标，聚焦体育教育增值，形成了“课内与课外互动、校内与校外结合”的一体化教学模式和“以课程为核心，群体为基础，竞技为亮点，科研为动力”的发展体系。

坚持以“学会、勤练、常赛”为引领，积极推进体育教育教学改革。采用2个“1+X”课程模式，实施分层分级教学，不断完善体育课程教学质量体系。实施体质健康提升工程，开设体质健康强化班，通过游泳达标作为毕业审核条件，将《学生体质健康标准》测试等级写入成绩大表等举措，推动学生自觉参加体育锻炼。建立体质监测体系平台，规范和改进学生体质健康水平测试，同时通过不断改善体质监测手段，建立电子化的体质监测体系，实行本科四年全覆盖、全程监测，积极筹建构建学生体质健康管理平台，无缝保障学生体质健康水平稳步提升。

作为教育部首批试办高水平运动队的高校之一，学校目前有游泳、篮球、乒乓球、赛艇、网球、田径、羽毛球、足球等项目8支高水平体育代表队。第31届世界大学生运动会获16金。第十四届全国学生运动会勇夺35金13银8铜，以金牌数第一、奖牌数第一、总分第一的傲人战绩连续第八次蝉联全国学生运动会“校长杯”。在全国首届学生（青年）运动会运动会上，交大学生代表上海市参赛，经过顽强拼搏，斩获19金18银10铜，获得上海代表团突出贡献特等奖。杭州亚运会上，共有27名交大人分别作为运动员、裁判员、领队和教练为国出征，共获得28金8银5铜，展示了精湛的竞技水平和昂扬的精神面貌。巴黎奥运会上，23位交大人为国出征斩获6金5银3铜。

学校现有14支阳光体育代表队和50个学生体育协会。加强对校学生体育总会的指导，完善指导教师选派制度，大力支持和指导体育社团建设，促进 校园群体活动蓬勃开展。以校运会、学生田径运动会、新生运动会、五大杯赛（体总杯、校庆杯、致远杯、新生杯、希望杯），两次长跑（五一长跑节、一二九长跑节），水上运动会、智力运动会、舞林/武术大会等校园体育品牌赛事为纽带，构建“天天有活动、周周有比赛、月月有精彩”的校园体育活动格局，每年校内举办90余项近2000场各类体育赛事，吸引参与师生超过 10 万人次。校阳光体育代表队选拔来自不同院系的500余名本硕博学生，坚持“品学训”兼优，不断完善日常教练机制，定期组织课余时间开展训练，每年参与上海市和全国性阳光组体育比赛，战绩斐然；同时坚持与校机关、院系协同育人，积极探索“三全育人”。

体育系目前拥有一支由国家级教学名师、国家级高层次青年人才计划入选者、国家社科基金项目评审专家、教育部全国高等学校体育教学指导委员会委员、上海市人才计划入选者等组成的实力强、国际化程度高的师资队伍。其中，教授6名，世界冠军3名，国际级裁判8名、国家级裁判4名。

近年来，获国家级教学成果奖二等奖2项，上海市教学成果特等奖1项、一等奖1项、二等奖1项，上海交通大学教学成果特等奖1项；国家优秀教材二等奖1项；建成国家级教学团队1个；国家线上一流课程2门，中国高校在线教学国际平台课程1门，国家级精品课程1门，《Improving Immunity Based on Traditional Eastern Exercises》等2门课程与耶鲁大学、密歇根大学等优质课程一起在世界上最大的在线教育平台Coursera上线运行，上海高校优质混合式在线课程示范案例1项、上海市精品课程2门。  

体育系坚持“高水平、国际化、小而精、服务型”的学科建设思路，培养服务国家、具有国际视野的创新拔尖人才，努力建设成为国内一流、国际知名、特色鲜明的一流运动科学研究和人才培养平台。体育系持续推进体育学、运动科学、人工智能、生物力学、生命科学、预防医学、康复医学等学科多方位、深层次交叉融合，开展了一系列的基础理论、关键技术和应用研究。近五年，体育系教师先后获批包括国家社科基金、国家自然科学基金、国家重点研发计划课题、教育部人文社科基金在内的国家级和省部级项目40多项，编写教材、著作10余部，在 CSSCI、SCI、SSCI等收录期刊发表高质量论文100余篇。部分研究成果和咨政建言被相关部门采纳或被省部级领导批示。国际化是体育系的主要办学特色之一，长期与美国、芬兰、丹麦等国家联合开展科学研究、学生联合培养，通过支持研究生海外访学及参加高水平学术会议等方式，进一步扩大研究生国际视野和学术能力。