2006年上海市大学生棒球联赛于5月13-28日举行。该项赛事是上海市高校的传统赛事。上海市12所大学棒球队在交大和上外2个赛区角逐总冠军。其中上海交大赛区包括：东华大学、华东政法学院、上海交通大学、上海中医药大学、上海应用技术学院、复旦大学；上海外国语大学赛区包括：上海师范大学、上海财经大学、同济大学、上海大学、华东理工大学、上海外国语大学

上海交大棒球队分别以28:1、13:0、8:3、6:5战胜华东政法大学、上海中医药大学、上海应用技术学院和复旦大学棒球队，昂首挺进决赛。

2006年5月28日在上外赛区，与上海外国语大学进行冠军争夺赛。