由上海交通大学承办的2006年上海市学生体育大联赛大学组篮球三对三比赛（南区）于2006年11月11日上午九点在上海交通大学闵行校区开赛。

男子组分四个小组单循环赛，每组前两名复赛产生八强后进行淘汰赛。其中男子A组为华东理工大学与东海学院；男子B组电机江川、上海师范大学和欧华；男子C组华东师范大学、电子和应用；男子D组复旦大学、上海交通大学和电机华宁。女子组五个学校（交大、华师大、华东理工大学、应用和上海师范大学）只进行单循环赛。

最终，交大女子篮球队在单循环中全胜获得冠军，交大男子篮球队在决赛中以11:3战胜上海师范大学队获得冠军。两队取得参加2006年上海市学生体育大联赛大学组篮球三对三比赛总决赛资格。

南区复赛前三名

男 子 组

第一名：上海交通大学

第二名：上海师范大学

第三名：复旦大学（医学院）

女 子 组

第一名：上海交通大学

第二名：华东理工大学

第三名：上海应用技术学院